После событий восьмого сезона Кларк берет на себя бремя защитника Метрополиса, скрываясь под маской Красно-Синего Пятна, он остается в тени, передвигаясь с невероятной скоростью и путешествуя по крышам, он становится известным как "Пятно". В то же время идет и внутренняя борьба Кларка- он чувствует что должен совершить выбор между своим криптонским наследием и человеческой природой, ведь в этом году ему предстоит столкнуться с самыми сильными врагами вселенной комиксов.

В этом сезоне мы увидим Металло (Брайн Остин Грин)- человека с криптонитовым сердцем, Рулетку (Стеф Сонг), возвращение Игрушечного Мастера (Toyman) и молодого майора Зода, который прибыл на Землю со своей армией. В девятом сезоне мы так же увидим "Общество Справедливости Америки" (“Justice Society of America”), в эпизоде известного писателя комиксов Джеффа Джонса.

После года защиты Метрополиса в образе Красно-Синего Пятна Кларк заканчивается восьмой сезон с тяжестью всего мира на своих плечах. Проигнорировав предупреждения Лиги Правосудия, Кларк попытался спасти человеческую сущность Думсдея - Дэвиса Блума, однако Дэвис оказался столь же бесчеловечным, как и его альтер-эго. В схватке за Хлою (Эллисон Мэк) Дэвис смертельно ранит Джимми Олсена (Аарон Ашмор), но тот в попытке защитить свою жену из последних сил набрасывается на мистера Блума и убивает его. После смерти Джимми Лига Правосудия расформирована, а Оливер Куин (Джастин Хартли) падает во тьму, забывая о Зеленой Стреле. Кларк игнорирует свои человеческие чувства и прекращает жизнь Кларка Кента, становясь лишь "Пятном". В это время Тесс Мерсер (Кэссиди Фримэн) озадаченная таинственным происхождением Кларка встречается с Лоис Лейн (Эрика Дюранс), в надежде получить назад украденное. Лоис, впервые узнающая о таинственной инопланетной сфере, вступает в перепалку с Тесс, которая заканчивается дракой. Во время драки Лоис, известная своим любопытством, касается кольца Легиона (которое члены Легиона отдали Кларку) и исчезает в яркой вспышке. Тесс возвращается в замок Луторов и обнаруживает, что сфера выпустила на волю молодую версию Генерала Зода, с несколькими жителями затерянного города Кандор. Но Кларк, даже не догадывается о грядущей опасности.

Премьера девятого сезона покажется нам Кларка спустя три недели его битвы с Думсдеем.Поглощенный своей геройской сущностью Кларк теперь оставляет свой знак в виду буквы S, во всех местах Метрополиса, что бы дать надежду людям.

Кларк спасает город в одиночку и Хлоя чувствует, что должна вновь собрать Лигу Правосудия для помощи ему. Но есть одна проблема- Оливер Куин за это время сильно изменился и теперь он пропадает в барах, сомнительных клубах и бойцовских домах. В девятом сезоне он сможет найти себя и даже обретет напарника-ученика в лице Спииди.

Кларк, Оливер и Лоис составят новый любовный треугольник девятого сезона. Кларк начнет испытывать чувства к мисс Лейн, а Оливер попытается возродить старые отношения. Лоис, вернувшаяся из своего путешествия во времени видит кошмарные ведения из будущего и боится, что они могут воплотиться в жизнь. Но это не все, что она видит. Любовные эротические сцены с участием Кларка Кента- вот, что мешает ей работать. Кларк же не может определиться со своими чувствами к Лоис, но все же, в девятом сезоне мы увидим их первый настоящий поцелуй… а возможно и что то еще.

Тем временем отношения Кларка и Хлои ухудшаются. Хлоя использует свои сверхмощные компьютеры, что бы плести собственные интриги и заговоры, управлять людьми от имени Добра. Но когда она Хлоя начинает думать, что цель оправдывает средства, ее отношения с Кларком резко ухудшаются.

Но когда речь идет о манипуляторах на арену выходит Тесс Мерсер, достойная ученица Лекса Лутора. В этом сезоне Тесс много контактирует с Зодом и теми жителями Кандора, которые попали на ее планету. Нужно помнить, что Зод девятого сезона это более молодая и уравновешенная версия Зода, который еще не успел превратиться в агрессивно настроенного психопата разрушившего Криптон. Зод девятого сезона- это хитрый стратег и харизматичный лидер, который знает как можно вдохновить войска. Когда Кларк и Зод встретятся впервые, Кларк поймет, что он может помочь Зоду, оказать поддержку и уберечь его от темной дорожки. Но у майора Зода есть свои слабые места и требуется всего лишь небольшая порция предательства, что бы превратить Зода стал заклятым врагом Кларка.